超敏感的卵白质识别具有极其主要的意义,但这一历程极具挑战,由于差别于可以依赖聚合酶链反应(PCR)举行扩增的核酸,卵白质不可直接被扩增。然而,研究职员以为,通过接纳一系列能够选择性标记差别类型氨基酸的残基特异反应,并连系立异的卵白质数据库匹配要领,可能最终开创出一种将卵白质转化为可扩增分子的突破性手艺。本研究从盘算和实验两个方面验证了这一构想。
首先,研究职员设计了针对卵白质数据库匹配和理论上预计AmproCode识别率的盘算要领。盘算效果批注,通过仅定量四种残基类型,可以识别整个卵白质组中的99%及渗透组中的93%的卵白质,从而为他们的要领提供了理论依据。
他们还全心选择了几种残基类型,包括半胱氨酸(Cys)、赖氨酸(Lys)、蛋氨酸(Met)、天冬氨酸/谷氨酸(Asp/Glu)和酪氨酸(Tyr),用于AmproCode。研究者在小分子和肽上测试了这些特异性化学反应,并设计了DNA条形码战略。
图片信息:在amprocode的事情流程中,DNA条形码可以划分修饰肽或卵白质样品上所选择的每种类型的残基,并通过qpcr扩增和定量组成代码,即每种卵白质中这些残基的相比照例。通过数据库搜索算法将实验获得的组成代码与卵白质组数据库中的代码举行匹配,即可对样品举行卵白质判断。
随后,研究者通过识别包括ELA、URP和在渗透组中发明的Aβ等差别的合成肽,展示了AmproCode的应用。其手艺允许在极低浓度(飞摩尔/升)下识别卵白质,这一迅速度比常用的质谱和ELISA要领横跨10至10,000倍。这显示了AmproCode在从微量样本中举行可扩增卵白质识别的潜力。
别的,他们通过盘算估算在差别条件下评估了AmproCode的性能。效果发明,增添更多残基的定量能显著提升AmproCode在笼罩率、准确性和顺应性方面的体现。
虽然这只是一个看法验证研究,但他们关于可扩增卵白质指纹的立异看法,为下一代卵白质测序手艺的生长提供了新的框架,这可能最终实现单细胞卵白质组学,并可能推动临床生物标记物的发明。
杂志:National Science Review
DOI:10.1093/nsr/nwae183